Profa. Dra. Tie Koide

Titulação: Professora Doutora

Contato: (16) 3315-3107 – Laboratório de Labsismi

E-mail: tkoide@fmrp.usp.br

Curriculum Lattes: http://lattes.cnpq.br/1918823456442623

Mini Curriculum: Bacharel em Ciências Moleculares pela Universidade de São Paulo (2001), Doutora em Bioquímica pela Universidade de São Paulo (2006) com Pós-doutorado no Institute for Systems Biology, Seattle-EUA (2008). É docente do Departamento de Bioquímica e Imunologia – FMRP- USP. Atua na área de Microbiologia, Bioquímica e Biologia Molecular, com ênfase em Biologia Sistêmica, analisando dados de expressão gênica em larga escala e auxiliando no desenvolvimento de ferramentas de bioinformática. Áreas de interesse: regulação da expressão gênica, microbiologia, resposta a estresses ambientais, integração de dados em larga-escala para formulação de modelos preditivos da célula, RNAs não codificantes, organismos procarióticos, archaea, bioinformática.

Linha de Pesquisa:

Biologia Sistêmica de Microorganismos. Mais informações no site LaBiSisMi.

Equipe:

• Atlas Khan – Pós-Doutorado
• José Vicente Gomes Filho – Doutorado
• João Paulo Pereira de Almeida – Mestrado
• Silvia Helena Epifânio – Técnica em Laboratório

 

Principais Artigos:

• GOMES-FILHO, J. V.; ZARAMELA, L. S. ; Italiani, VCS ; BALIGA, NITIN S. ; Vencio, R.Z.N. ; KOIDE, T. . ‘Sense overlapping transcripts in IS1341-type transposase genes are functional non-coding RNAs in archaea. RNA Biology, v. 12, p. 1-11, 2015.
• ZARAMELA, LIVIA S. ; VÊNCIO, RICARDO Z. N. ; TEN-CATEN, FELIPE ; BALIGA, NITIN S. ; Koide, Tie . Transcription Start Site Associated RNAs (TSSaRNAs) Are Ubiquitous in All Domains of Life. Plos One, v. 9, p. e107680, 2014.
• KOIDE, T.; Pang, W.L. ; Baliga, N.S. . The role of predictive modeling in rationally reengeneering biological systems. Nature Review, Microbiology, v. 7, p. 297-305, 2009.
• KOIDE, T.; Reiss, D.J. ; Bare, J.C. ; Pang, W.L. ; Facciotti, M.T. ; Schmid, A.K. ; Pan, M. ; Marzolf, B. ; Van, P.T. ; LO, F. ; PRATAP, A. ; DEUTSCH, E. W. ; PETERSON, A. ; MARTIN, D. ; Baliga, N.S. . Prevalence of transcription promoters within archaeal operons and coding sequences. Molecular Systems Biology, v. 5, p. 285, 2009.
• KOIDE, T.; Zaini, P. A. ; Moreira, L. M. ; Vencio, R.Z.N. ; Matsukuma, A.Y ; Durham, A.M. ; Teixeira, D.C. ; EL-Dorry, H. ; Monteiro, P.B. ; da Silva, A.C. ; Verjovski-Almeida, S. ; da Silva, A.M. ; Gomes, S. L. . DNA microarray-based genome comparison of a pathogenic and a nonpathogenic strain of Xylella fastidiosa delineates genes important for bacterial virulence.. Journal of Bacteriology, v. 186, p. 5442-5449, 2004.